Филмът ще ни срещне с четиримата братя, преди да са се превърнали в любимите герои, които всички познаваме.
След като в продължение на години се крият от човешкия свят в каналите на Ню Йорк, удивителните костенурки искат да бъдат приети като най-обикновени тийнейджъри и трябва да спечелят сърцата на нюйоркчани чрез героичните си действия.
Новата им приятелка Ейприл О‘Нийл им помага да се справят с мистериозен престъпен синдикат, но когато армия от мутанти тръгва по петите им, Леонардо, Микеланджело, Донатело и Рафаело се оказват нагазили в проблеми, далеч надхвърлящи възможностите им.